عتمد العلاج على نوع الكيسات المبيضية. وعادة ما يتم اتباع الكيسات البسيطة ويتم استخدام حبوب منع الحمل. يتم تطبيق العلاج بالمضادات الحيوية في الخراجات الالتهابية. تتم إزالة جراحيا الأكياس التي يزيد قطرها عن 8-10 سم أو التي تنمو بشكل مستمر والتي من المحتمل أن تكون خبيثة في الموجات فوق الصوتية واختبارات الدم.
